Základným princípom fungovania UV lampy na vodu je ultrafialové žiarenie, ktoré sa v elektromagnetickom spektre nachádza medzi röntgenovým lúčom a viditeľným svetlom. Žiarovka UV systému produkuje žiarenie s vlnovou dĺžkou 253,7 nanometrov, ktoré nie je okom viditeľné, dokáže však zneškodniť až 99,99% baktérií a vírusov nachádzajúcich sa vo vode. Pôsobenie UV žiarenia vo vnútri UV filtra na vodu napáda DNA mikroorganizmov a tým eliminuje ich schopnosť naďalej fungovať.
Celé zariadenie na filtráciu vody riadi elektrická riadiaca jednotka, ktorá predstavuje „mozog“ UV systému – zabezpečuje riadenie elektrického výkonu lampy a napájanie UV-C svetla potrebného na filtráciu vody (zložitejšie typy zahŕňajú komplikovanejší systém ovládania, ktorý zahŕňa napríklad aj rôzne alarmy, časovače či indikátory problémov).